Kuzeyi: Edirne, Tekirdağ illeri ve Marmara denizi, Güneyi : İzmir ve Manisa illeri, Batısı: Ege denizi, Doğusu: Bursa ve Kütahya illeri ile sınırlanan DSİ 25. Bölge Müdürlüğü, Marmara ve Ege bölgelerinde yer almakta ve merkez Balıkesir ili olmak üzere Balıkesir ve Çanakkale illerini kapsamaktadır.24 265 km² yüzölçümüne sahip bu iki ilimizde toplam 1 594 441 kişi yaşamaktadır. Nüfus yoğunluğu Balıkesir ilinde 77 kişi/km², Çanakkale ilinde 49 kişi/km² dir.
DSİ Genel Müdürlüğüne bağlı 25 bölgeden biri olan Bölge Müdürlüğümüz, 6200 sayılı Devlet Su İşleri Kuruluş Yasası ile 1053 ve 167 sayılı yasalar gereğince, su ve toprak kaynaklarının geliştirilmesinde, ön inceleme aşamasından uygulama ve işletme aşamalarına kadar bütün hizmetlerin yürütülmesinden sorumludur.
16 Nisan 1980 tarihinde kurulan Bölge Müdürlüğümüz, merkezde 13 adet Şube Müdürlüğü, Hukuk İşleri Müdürlüğü, Sivil Savunma Uzmanlığı ile Bilgi Teknolojileri Başmühendisliği; taşrada ise Balıkesir 251. Şube Müdürlüğü, Çanakkale 252. Şube Müdürlüğü, Gönen-Biga ve Manyas Projeleri İnşaat Kontrol Şube Müdürlüğü, 25-18. Sondaj Şube Müdürlüğü olarak teşkilatlanmıştır.